کنترل کیفیت مواد اولیه: آنالیز Hplc برای تأیید خلوص و شناسایی مواد اولیه قابل استفاده در تولید داروها به کار می‌رود.  Hplc می‌تواند ناخالصی‌ها و سایر مواد مضر را در مواد اولیه شناسایی و اندازه‌گیری کند.

کنترل فرآیند تولید: از آنالیز Hplc برای پایش فرآیند تولید داروها و اطمینان از انطباق آن با استانداردهای کیفی مورد استفاده می شود. این روش می‌تواند غلظت مواد فعال و سایر ترکیبات موجود در نمونه‌های در حال تولید را اندازه‌گیری کند.

تجزیه و تحلیل محصولات نهایی: آنالیز Hplc برای تأیید خلوص، شناسایی و اندازه‌گیری ترکیبات موجود در محصولات دارویی نهایی به کار می‌رود. این روش می‌تواند به منظور بررسی پایداری و طول عمر داروها نیز مورد استفاده قرار گیرد. بعد از یافتن یک مولکول ویژه (یا مولکول‌های ویژه) تکنسین‌های آزمایشگاه می‌توانند با طراحی فرمول‌های جدید، تحقیقات را شروع کنند. از اینجا به بعد، حجم زیادی از تحقیقات و آنالیزها انجام می‌شود تا قبل از ورود دارو به بازار، دارو اصطلاحا “fine-tune” شود.

تحقیق و توسعه: آنالیز Hplc در تحقیق و توسعه داروهای جدید به کار می‌رود. این روش می‌تواند برای جداسازی و خالص سازی ترکیبات جدید، بررسی متابولیسم داروها و تعیین اثربخشی آن‌ها استفاده شود.  

ساخت واکسیناسیون ها: کروماتوگرافی در تعیین این که کدام آنتی‌‌بادی‌‌ها در برابر بیماری‌‌ها و ویروس‌‌های مختلف مبارزه می‌‌کنند مفید است. دانشمندان در مبارزه برعلیه ویروس ابولا که بیش از 11 هزار قربانی داشت، برای طراحی ایمن‌سازی آزمایشگاهی با Zmapp از Hplc استفاده کردند. از این روش استفاده شد تا مشخص شود کدام آنتی‌‌بادی‌‌ها در خنثی‌‌کردنِ ویروس‌‌کشنده موثرترند.